Hampir seluruh wilayah Jawa, kecuali Banten dan Batavia bisa dikuasai oleh Sultan Agung di masa kekuasaannya.
Saingan besar Mataram awal Sultan Agung berkuasa adalah Surabaya dan Banten. pada tahun 1614 Sultan Agung mengirim pasukan penaklukkan sekutu Surabaya, yaitu Lumajang. Dalam perang di sungai Andaka, Tumenggung Surantani dari Mataram tewas oleh Panji Pulangjiwa, menantu rangga Tohjiwa bupati Malang. Lalu Panji Pulangjiwa sendiri mati dijebak perangkap yang dipasang Tumenggung Alap-Alap.
Pada tahun 1615 Sultan Agung memimpin langsung penaklukan Wirasaba ibukota Majapahit (sekarang Mojoagung, Jombang). Pihak Surabaya mencoba membalas. Adipati Pajang juga berniat menghianati Mataram, namun masih ragu-ragu untuk mengirim pasukan membantu Surabaya. Akibatnya pasukan Surabaya dapat dihancurkan pihak Mataram pada Januari 1616 di desa Siwalan.
Kemenangan Sultan Agung berlajut di Lasem dan Pasuruan tahun 1616. Kemudian pada tahun 1617 Pajang memberontak tetapi dapat di tumpas. Adipati dan panglimanya bernama (Ki Tambakbaya) melarikan diri ke Surabaya.
Sultan Agung kemudian mengirim Tumenggung Bahureksa (Bupati Kendal) untuk menaklukan Sukadana (Kalimantan sebelah barat daya) tahun 1622. Dikirim pula Ki Jurukiting (putra Ki Juru Martani) untuk menahlukan Madura tahun 1624. Dengan direbutnya Sukadana dan Madura, Posisi Surabaya menjadi lemah karena suplai pangan terputus sama sekali. Kota ini akhirnya jatuh karena kelaparan pada tahun 1625, bukan karena pertempuran. pemimpinnya yang bernama pangeran Jayalengkara pun menyerah pada pihak Mataram yang di pimpin oleh Tumenggung Mangun-oneng.
Pada tahun 1627 terjadi pula pemberontakan Pati yang di pimpin oleh adipati Pragola, sepupu Sultan Agung sendiri. Pemberontakan ini akhirnya dapat di tumpas namun dengan biaya yang sangat mahal. Pada 27 Agustus 1628 pasukan Mataram dipimpin Tumenggung Bahureksa, Bupati Kendal tiba di Batavia. Pasukan kedua tiba bulan Oktober dipimpin oleh pangeran Mandurareja (cucu Ki Juru Martani). Total semuanya adalah 10.000 prajurit. Perang besar terjadi di benteng Holandia. Pasukan Mataram mengalami kehancuran karena kurang perbekalan.
Sultan Agung kembali menyerang Batavia untuk kedua kalinya pada tahun berikutnya. Pasukan pertama dipimpin oleh Adipati Ukur berangkat pada bulan Mei 1629, sedangkan pasukan kedua dipimpin Adipati Juminah berangkat bulan Juni. Total semua 14.000 orang prajurit. Kegagalan serangan pertama diantisipasi dengan cara mendirikan lubang-lubang berasdi Karawang dan Cirebon. Namun pihak VOC berhasil memusnahkan semuanya. Walaupun kembali mengalami kekalahan, serangan kedua Sultan Agung berhasil membendung dan mengotori sungai Ciliwung, yang mengakibatkan timbulnya wabah penyakit kolera melanda Batavia. Gubernur Jendral VOC yaitu J.P. Coen meninggal menjadi korban wabah tersebut.
Lihat lebih lengkapnya Museum History of Java Yogyakarta, Jl Parangtritis KM 5, Sewon Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.